海红旗-9是在陆基红旗-9防空导弹基础之上发展而来，据称红旗-9与俄罗斯S-300有很深的渊源，而S-300的舰载型号就是SA-N-6，因此海红旗-9的性能应该介于俄罗斯海军（RUS Navy）使用的SA-N-6和美国海军（US Navy）使用的标准-2ER之间。海红旗-9防空导弹的出口型号称为FD-2000。
改革开放后，中国从西方国家引进了多种比较先进的导弹武器，比如海红旗-7的原型——法制海响尾蛇就是当时一流的导弹武器。随着053H2G、053H2G2、052等驱护舰的服役，HHQ-61与HHQ-7也同时进入人民海军服役，使得海军具备了基本的点防空能力。而通过从俄罗斯引进“现代级”驱逐舰使人民海军获得了SA-N-7防空导弹，使海军获得了一定的区域防空能力。但是SA-N-7最大射程25KM，不足以保证舰队安全。为了构建必要的水面舰艇防空力量，中国研制了海红旗-9防空导弹。这种最大防御范围120多千米的防空导弹，足以在没有舰载航空兵掩护下的传统的舰队区域防空要求。
